On définit classiquement l’aménorrhée primaire comme l’absence de règles à l’âge de 16 ans, qu’il y ait ou non un développement des seins. Mais il est conseillé d’envisager, sans attendre 16 ans, une enquête en cas d’absence de règles dans les 3 ans qui suivent le début des seins ainsi que devant l’absence de règles à 14 ans associée à l’absence de seins ou à un hirsutisme.
Cette enquête commence par, s’informer avec tact, en tête à tête avec l’adolescente assurée de la confidentialité, sur l’existence de rapports sexuels et d’une contraception, car la grossesse est le premier diagnostic différential d’une aménorrhée primaire. Elle s’informe aussi sur la pratique intensive d’un sport, et sur le régime alimentaire. D’éventuels cas de règles tardives sont cherchés dans la famille. 
L’examen clinique peut orienter : une pilosité pubienne sans seins (adrenarche d’un syndrome de Turner), des seins sans pilosité (insensibilité complète aux androgènes). Les éléments suivants sont cherchés :

• traits turnériens : petite taille (et petite taille de naissance), palais ogival, rétrognathie, ligne basse d’implantation des cheveux, oreilles bas implantées, thorax large, cou élargi,
• surpoids, maigreur, perte de poids,
• acné, pilosité, acanthosis marqueurs d’hyperandrogénie,
• anorexie, tri des aliments,
• activité physique intense et régulière,
• lanugo, pression artérielle basse, (trouble du comportement alimentaire),
• palpation de la thyroïde (petit goitre d’une thyroïdite),
• examen gynécologique (obstacle au passage du flux menstruel : hymen imperforé, « cryptoménorrhée »).

Biologie :

• LH et FSH,
• prolactine,
• oestradiol,
• TSH,
• cortisol libre urinaire,
• caryotype,
• DEXA pour évaluer la diminution de la masse osseuse,
• examens spécifiques des différentes étiologies.

On peut conduire la démarche diagnostique en fonction d’éléments simples :

1 – S’il n’y a pas de développement des seins

1.1 – La FSH est basse :

• Hypogonadisme hypogonadotrope isolé (voir page 142) ;
• Hypopituitarisme plus ou moins global (craniopharyngiome ou causes génétiques) ;
• Retard pubertaire simple ;
• Adénome à prolactine (voir page 155) ;
• mutation de la sous unité ß de la FSH : FSH basse, LH élevée ;
• Aménorrhée hypothalamique (fonctionnelle) liée à la pratique intense de sports, notamment d’endurance (les seins n’ont pas poussé dans certains cas) ;
• Aménorrhée hypothalamique par restriction alimentaire précoce et sévère ;
• on en rapproche l’anorexie mentale précoce : pas de réponse LH/FSH au GnRH, petite hypercortisolurie qui peut égarer ;
• Maladies chroniques (voir page 150) ;
• thyroïdite lymphocytaire auto-immune (Hashimoto) ;
• Maladie de Cushing ;
• les mutations de SRD5A2 (5-alpha-reductase), même les plus modérées ne donnent jamais aux patients 46,XY un phénotype féminin complet (au minimum petit DSD avec clitoromégalie et fusion des lèvres), absence de seins, FSH normale ; quant aux filles 46,XX mutées, elles ont un phénotype féminin normal et une puberté normale.

1.2 – La FSH est élevée (faire systématiquement un carotype) :

• 45,X0 et mosaïques turnériennes ;
• Dysgénésie gonadique complète (DSD 46,XY avec phénotype féminin complet) (voir page 35) : mutations NR5A1 (SF1) ;
• Insuffisance ovarienne 46,XX (mutation NR5A1, BMP15, POF1B, NOBOX, FSHR, LHR) ;
• mosaïques 45 X0/46,XY (risque de gonadoblastome) ;
• mutation de la sous unité ß de la LH : LH indétectable, FSH élevée.

2 – Si des seins sont présents et normaux (ou presque) 

2.1 – L’échographie abdominale montre un utérus :

• Hypopituitarisme (craniopharyngiome, causes génétiques) ;
• Syndrome des ovaires polykystiques (SOPK) avec hyperandrogénie (voir page 157) ;
• Aménorrhée hypothalamique par sports d’endurance et intenses ;
• Aménorrhée hypothalamique par restriction alimentaire. Il faut chercher avec rigueur un déficit pondéral et des troubles du comportement alimentaire. Les patientes doivent être suivies longitudinalement pour évaluer le fonctionnement de l’axe gonadotrope parallèlement à leur composition corporelle. Lorsque le poids ou l’indice de masse corporelle sont à la limite inférieure de la normale il peut être utile de mesurer la masse grasse. L’enquête nutritionnelle doit dépister une restriction calorique, en particulier par défaut d’apport en matières grasses. à une époque où beaucoup de jeunes filles surveillent leur poids de près, les hypogonadismes hypogonadotropes congénitaux et l’aménorrhée fonctionnelle peuvent s’intriquer, créant de vraies difficultés diagnostiques ;
• Anorexie mentale ;
• Aménorrhée en réponse à un stress majeur ;
• Adénome à prolactine (voir page 155) rare en pédiatrie, en général en début de puberté (1 cas/10 millions). Le diagnostic est souvent tardif vers 15-17 ans après 1 à 4 ans d’évolution. L’aménorrhée peut être précédée ou non d’un retard pubertaire, d’une galactorrhée, d’une oligo-aménorrhée, d’une prise de poids. En cas de macroadénome, il y a souvent des céphalées, des troubles visuels (24 %), et des signes d’hypertension intracrânienne. La prolactine est > 100 ng/mL : en moyenne 3 278 ng/mL (115-40 168) (N < 20 ng/mL avec prise de sang entre 08 h 00 et 12 h 00 à jeun). Le stress, la douleur, l’exercice physique peuvent élever la prolactinémie, mais beaucoup moins qu’un adénome. L’IRM avec coupes fines de la région hypothalamo-hypophysaire et injection de gadolinium visualise les microprolactinomes (< 1cm). En cas de gros adénome, l’IRM précise ses rapports aux structures voisines. Les hyperprolactinémies médicamenteuses sont exceptionnelles en pédiatrie.
  Une macroprolactinémie est une anomalie biologique sans conséquence clinique ; 
• Obstruction du flux menstruel (hymen imperforé, cryptoménorrrhée) ;
• Maladies chroniques (voir page 150) ;
• Hypothyroïdie (thyroïdite auto-immune, Hashimoto), hyperthyroïdie d’une maladie de Basedow ;
• Tumeur cortico-surrénalienne sécrétant des androgènes (testostérone > 5 nmol/L) ;
• tumeur ovarienne sécrétant des androgènes (testostérone > 5 nmol/L) ;
• Déficit non classique en 21-hydroxylase (mutations CYP21A2) ;
• Maladie de Cushing (seins normaux, hyperpilosité, hyperandrogénie modérée), syndrome de Cushing ;
• prise d’antipsychotiques.

2.2 – L’échographie ne détecte pas d’utérus

L’utérus, très petit en cas de carence en oestrogènes peut paraître absent. Administrer des oestrogènes pendant 3 mois peut le faire apparaître  :

• Insensibilité complète aux androgènes (46,XY, CAIS) (mutations du récepteur des androgènes) (AR, NR3C4). C’est de loin la cause la plus fréquente de DSD (1/20 000 à 1/1  000 000 nouveau-nés XY). Le phénotype des OGE est féminin normal à la naissance, mais sans utérus (la régression müllérienne a eu lieu). Le diagnostic est fait à la puberté devant une masse inguinale (les testicules) ou à cause d’une aménorrhée primaire avec absence ou quasi absence de pilosité pubienne et axillaire. Les seins se développent normalement et la silhouette est généralement très féminine. Les patientes sont plutôt grandes ou assez grandes à cause de leur chromosome Y. Il y a absence ou présence d’épididyme ou de canaux déférents. L’échographie ne trouve pas d’utérus. Il n’y a évidemment ni ovaires ni trompes ; en effet, les gonades sont des testicules, le plus souvent inguinaux. Le vagin est de taille variable : simple fossette périnéale ou longueur normale, mais raccourci de sa portion supérieure et du col de l’utérus et se terminant donc toujours en cul de sac.
  Les insensibilités complètes surviennent la plupart des cas dans des familles, où des femmes peuvent avoir présenté une aménorrhée, une infertilité, ou une hernie inguinale opérée dans l’enfance. Les mères porteuses de la mutation ont d’habitude des OGE féminins normaux et plus rarement un clitoris augmenté de taille, ou une fusion labiale postérieure (petits signes d’insensibilité partielle). 
  Biologie :
  • testostérone au niveau masculin normal ou supérieur à la normale,LH et FSH souvent très élevées,
  • AMH très élevée (par exemple 100 ng/mL) (production Sertolienne non freinée par la testostérone à cause de l’absence de récepteurs des androgènes fonctionnels),
  • FSH et inhibine normales pour un patient masculin,
  • Œstradiol > taux normal masculin (aromatisation de la testostérone) mais < taux normal féminin ;
• Syndrome de Rokitanski (46,XX) (1/5 000), aplasie utérine, vagin court ou absent, ovaires normaux, caractères sexuels secondaires et OGE normaux ; association possible avec anomalies rénales, cardiaques, squelettiques ; douleurs abdominales cycliques possibles si résidus utérins avec endomètre ; dosages hormonaux normaux ; diagnostic échographie ou IRM ;
• mosaïque 45 X0/46,XY (risque de gonadoblastome) (voir pages 36, 142).